Nagasakiestá a la cabeza de una bahía larga que forma elmejor puerto natural en la isla Kyushu al sur de Japón. Laárea comercial y residencial principal de la ciudadestá sobre un pequeño llano cerca del final de labahía. Los ríos divides por una estribaciónde montaña forman los dos valles principales en los cualesestá la ciudad. Esta estribación de montañay el arreglo irregular de la ciudad redujo enormemente laárea de destrucción, de modo que a primera vistaNagasaki apareció estar menos devastado que Hiroshima.
Laárea fuertemente desarrollada de la ciudad es confinadapor el terreno a menos de 4 millas cuadradas de un total de casi35 millas cuadradas en la ciudad completa.
La ciudad deNagasaki fue uno de los puertos marítimos másgrandes en el sur de Japón y fue de gran importanciadurante la guerra por sus industrias varias, incluyendo laproducción de pertrechos militares, barcos, equipomilitar, y otros materiales de guerra. La faja angosta y largaque fue atacada era de importancia particular por susindustrias.
Contrario amuchos aspectos modernos de Nagasaki, las residencias casi sinexcepción de ninguna fueron construidas débilmente,típico de las construcciones japonesas, consistióen madera o edificios con estructuras de madera, con paredes demadera con o sin emplasto, y techos de teja. Muchas de lasindustrias y empresas más pequeñas fuerontambién hechas en edificios de madera o edificios dealbañilería construidos débilmente. ANagasaki se le permitió crecer por muchos años sinestar conforme con ninguna planificación municipal porzonas, y principal misión y por lo tanto las residenciasfueron construidas al lado de fábricas tan cerca como fueposible construirlas a través el valle industrialentero.